Действие по-прежнему разворачивается на острове N.Sanity, со
старым добрым Крэшем в главной роли, а злодеем по-прежнему является
сумасшедший Dr.Neo Cortex. Но, тем не менее, в игре не обошлось и без
нововведений (надо же чем-то удивлять фанов), главным из которых
является ввод в игру нового положительного персонажа — компьютерного
гения, и по совместительству сестры Крэша Coco Bandicoot. А также
неожиданно на сторону Крэша встаёт известный с первой части Dr.Nitrus
Brio. Главными драгоценностями как всегда являются кристаллы и камешки,
как серые, так и разноцветные.
Сюжет

Вторая часть игры
начинается с того момента, где кончается первая, то есть после
поражения Кортекса. Нам показывают, как он, сбитый Крэшем, падает на
землю, причём, видимо, это случается в ночное время суток, так как,
упавши, доктор оказывается в полнейшей темноте. Ну, тут учёный
откуда-то достаёт спичку, зажигает её и видит перед собой кристалл.
Затем следует сумасшедший смех и мы понимаем, что негодяй задумал
очередную гадость. Проходит год. Нам показывают космическую станцию,
очень похожую на дирижабль, парящий над башней в первой игре,
показывают Кортекса, который уже собрал команду своих содеятелей.

— Но, доктор Кортекс, чтобы получить полную силу, нам необходимо иметь
энергию не только вашего Мастер-кристалла (Master crystal), но и 25
маленьких (Slave crystals). Как вы собираетесь найти их? — говорит
доктор Джин.

— Идиот! Ты думаешь, что мы будем расшаривать всю
планету в поисках этих драгоценностей? За нас это сделают другие, —
отвечает Кортекс.